Заснований у 1869 році як селище при станції, уведеній в дію на Курсько-Харківсько-Азовській залізниці. На місці сучасного міста ще в 1786 році була заснована слобода Харцизька, що належала генерал-майору Івану Іловайському.
Назва його походить від слова «харцизи» («розбійники, грабіжники») — так у XVI столітті називали турки й татари селян-утікачів і запорозьких козаків, що селись біля південних кордонів Московської держави. Місця їх поселень іменували «харцизькими». У 1883 році була проведена залізнична гілка на Макіївський рудник, а в 1884 році — на станцію Кринична та Ясисівка (сучасна Макіївка-Пасажирська), у 1898 році — на макіївський металургійний завод «Уніон».
Радянський період
У квітні 1923 року Харцизьк став центром Зуєвського гірського району Юзівської округи. Чисельність населення селища тоді становила 3065 осіб, а в 1926 році — уже 5645 чоловік. У 1929 році утворена Харцизька волость, що об’єднала селища Харцизьк і Трубне, а також хутори Золотарьова, Майсак, Цецюри, Панасенко, Нове Життя та інші. У 1931 році населення Харцизька становило 8323 особи.
У 1940 році в ньому проживало вже 13 146 чоловік. У 1930–1938 роках Харцизький трубний завод називався заводом «Сталь», тоді ж там було налагоджено виробництво труб великого діаметра. У 1940 побудований сталедротово-канатний завод (зараз Харцизька філія ПАТ «ВО „Стальканат-Силур“» завод «Силур»). З 1930-х років працюють 2 великі колгоспи: «Граніт» та імені В. К. Блюхера.
Під час Другої світової війни місто перебувало під німецькою окупацією, але згодом було звільнене радянськими військами.
1956 р. в місті заснований трест «Жовтеньвугілля»; Харцизьк став регіональним центром вугільної промисловості (не маючи жодної вугільної шахти). У 80-90-х роках XX століття керівництво окремими шахтами, а потім і цілим «Жовтеньвугіллям» було перенесене в сусідні вугільні міста: Кіровське, Жданівку, Шахтарськ. У 1962 році Харцизьк став містом обласного підпорядкування. У 70-х роках XX століття в місті побудований комплекс трубоелектрозварювального цеху на трубному заводі.
У 1991 році Єнакієве стало частиною незалежної України.
У 1995 році в місті активно проходить приватизація.
13 квітня 2014 року місто опинилось під контролем проросійських терористичних формувань. За повідомленням донецької журналістки у Харцизькій міськраді керують люди в камуфляжі з автоматами, які зняли з будівлі українські прапори і повісили прапор так званої «Донецької народної республіки». На її думку:
« Поки складно припустити яке у них громадянство, про це, можливо, знає нардеп Владислав Лук’янов, який є головним спікером мітингу, що відбувається під стінами міськради… «
Агентство Інтерфакс-Україна з посиланням на очевидця подій повідомило також, що ті сепаратисти, які перебувають у міськраді, діяли у змові з керівниками місцевих органів влади. За словами очевидця:
« Тобто, вони, сепаратисти, підходять до секретаря міськради, до того, хто виконує обов’язки міського голови, вітаються з ним за руку, тобто, це явно їхні люди. … «
В той же час Громадське ТВ повідомило, що в самому Донецьку 12 квітня відбувся ланцюг єднання Сходу та Заходу України. Молоді донеччани співали український гімн, тримаючи в руках українські прапори, а всі водії, що проїздили поряд, підтримували їх сигналами своїх машин. 13 липня в небі над Харцизьком терористами було збито український військовий літак. 17 серпня 2014 року терористи з артилерії обстріляли місто; через потрапляння снарядів в будівлі почалися пожежі, мешканці переховувалися в підвалах.
14 листопада Харцизьк було внесено до переліку населених пунктів на Сході України, на яких тимчасово не діє українська влада.
До початку широкомасштабного вторгнення Росії Харцизськ підійшов в російській окупації. Готуючись до поновлення активної фази бойових дій, в середині лютого російські війська влаштовують провокації, під приводом яких оголошують у місті та окупованій частині Донбасу загалом незаконну примусову “мобілізацію” до лав діючих в регіоні незаконних терористичних збройних формувань. Сергій Братчук, спікер Одеської ОВА, повідомив про знищення російського військового складу у місті Харцизьк 9 липня 2022 року.
